aptでインストール
sudo apt-get install ntp
必要なら設定を修正。
sudo vi /etc/ntp.conf
そのままでも動くけど、できれば近くのサーバを指定したほうが良いと思う。
たとえば、さくらのVPSなんかで使うなら、
ntp1.sakura.ad.jp(210.188.224.14)を使うほうが良いかと。
さくらのFAQ: NTPサーバは用意されているのですか？
http://sakura.cb-faq.com/faq/public/app/servlet/qadoc?QID=000207
/etc/init.d 以下を見ると、そのままでも自動起動の設定になってるので、
update-rc.d コマンドを使う必要はなし。
ファイアウォール(ufw)にも穴を開ける。
sudo ufw allow ntp
sudo ufw status
ntpq -p コマンドで動作確認。
各サーバの前に * が付けば同期できている。
起動直後は付いてないけど、しばらくすれば付くはず。